1949年成立启东县疗养所
1956年改名启东县人民医院
1990年随着启东撤县建市，更名为启东市人民医院。
1994年被江苏省卫生厅评为南通市第一批“二级甲等医院”。
2011年医院与启东肝癌防治研究所两院合并，编制床位扩编为800张。
2011年9月我院荣誉教授约翰霍普金斯大学托马斯·肯瑟勒教授获得国务院颁发的“国家友谊奖”，并受到了温家宝总理的亲切接见。
2012年4月与上海交通大学附属第一人民医院合作成立“上海交通大学附属第一人民医院启东分院”。
2013年美国耶鲁大学博士生导师张亚玮作为江苏省首批5名“特聘医学专家”之一引进到医院担任肿瘤研究客座研究员。
2014年11月医院被省卫计委确认为三级综合医院，纳入三级医院管理。
2015年1月入围国家卫计委全面提升县级医院综合能力建设第一阶段500家医院名单。
2015年与同济大学附属上海第十人民医院以及上海张江转化医学研发中心合作建立的“长寿基因研究中心”。
2016年确认为全国县级公立医院综合改革的四个示范县之一，编制床位1000张。
2016年2月与同济大学附属上海第十人民医院合作成立上海市第十人民医院启东医院。
2016年5月成为江苏省人民医院技术支持医院。
2017年9月成立江苏省首批、南通地区首家建立“外国专家工作室”的医疗科研单位。
2017年10月被中国县域研究发展中心授予“中国县域医改样板医院”。
2017年12月被中国胸痛中心总部授予“国家级胸痛中心”称号。
2018年6月被中国卒中中心联盟授予“卒中中心”称号。
2018年7月被中国医师协会内分泌分会授予“国家标准化代谢性疾病管理中心MMC”称号。
